La victoria de las tropas aliadas cristianas —lideradas por los reyes de Castilla, Aragón y Navarra— sobre el ejército almohade del califa Muhammad Al-Nasir (Miramamolín en tierras cristianas) en la batalla de las Navas de Tolosa el 16 de julio de 1212, dejó expedito el paso de Despeñaperros a los reyes cristianos, especialmente de Castilla, para expandirse hacia el sur y consolidarse como potencia dominante, mientras el poder musulmán entraba en declive. 

Tras la citada batalla y ante los fallidos intentos de Alfonso VIII por apoderarse de Úbeda y Baeza, este firmó una serie de treguas con los almohades que fueron continuadas durante el reinado de Enrique I (1214-1217) y Fernando III hasta 1224, cuando resueltos los problemas internos del reino de Castilla el rey santo se decidió a extender el dominio castellano. Coincidiendo con esta decisión, el 6 de enero de 1224 la muerte, sin descendencia, del califa almohade Abu Ya´qub Yusuf al-Mustanşir (Yūsuf II) provocó luchas internas de sucesión al trono en el imperio almohade de al-Andalus. Nombrado nuevo califa al-Wahid al-Majlü, este no fue reconocido por una parte de los gobernantes, destacando entre los rebeldes Abd Allah b. Muhammad al-Bayyasi, llamado «el Baezano», gobernador de Jaén que se sublevó contra el nuevo califa, declarándose independiente en un territorio que comprendía Baeza, Úbeda, Jaén y Córdoba, que pronto quedó reducido a Baeza.

Asediado en su ciudad de Baeza por el gobernador de Sevilla, pidió ayuda a Fernando III, quien acudió en su auxilio y aceptó el vasallaje del reyezuelo baezano. En 1226, este logró apoderarse de Córdoba, aunque más tarde fue traicionado y asesinado en Almodóvar del Río por su visir Ibn Yabürak, en el contexto de la sublevación de los propios cordobeses. Tras la muerte de «el Baezano», el rey cristiano se dirigió a Baeza y la tomó sin encontrar resistencia ya que la población y la guarnición musulmana la habían abandonado previamente. Según las crónicas cristianas, este acontecimiento tuvo lugar el 30 de noviembre de 1226. En similar fecha, y tras similares acontecimientos, debemos entender fueron ocupadas las alquerías, lugares y aldeas que vendrían a integrar con posterioridad el Concejo de Realengo de Baeza, entre estas Linares y Cástulo, como ha querido recoger la tradición y quedó manifestado en el escudo heráldico linarense, al inscribir en su jaquel la cruz de san Andrés, festividad coincidente con el último día de noviembre. 

La conquista de Baeza marcó el posterior proceso de expansión política y territorial desarrollado por la corona de Castilla que propició en las siguientes décadas la conquista de Úbeda (1233), Córdoba (1236), Jaén (1246) y Sevilla (1248).

El concejo de Baeza. Tras dichos acontecimientos, y con el fin de organizar los territorios conforme iban siendo conquistados u ocupados a los musulmanes para la repoblación cristiana, Fernando III otorgó el 19 de mayo de 1231, en Burgos, un privilegio rodado por el que señalaba los límites del término del Concejo de Baeza. Este quedó organizado como un concejo de realengo, constituido por su núcleo urbano, con sus diez collaciones o parroquias, y por la tierra o contorno rural formado por los lugares, fortalezas y aldeas terminiegas comprendidos en dicho territorio.