El matrimonio entre Isabel de Avis y Carlos de Habsburgo, celebrado en el Alcázar de Sevilla en 1526, culminó una serie de enlaces dinásticos entre Castilla y Portugal que acercaban los intereses de ambas monarquías. Los Avis y los Trastámara habían luchado por convertirse en el poder hegemónico en la península ibérica desde el siglo XIV. Sus relaciones diplomáticas se complicaron con la muerte de Enrique III de Castilla, en 1406, dando lugar a dos largas regencias sobre su hijo, el futuro Juan II, cuyo reinado (1419-1454) se vio condicionado por la amenaza constante del intervencionismo en Castilla de sus primos, los infantes de Aragón, y la larga sombra de su valido, D. Álvaro de Luna. A ello se sumó la rivalidad en el dominio del Atlántico, en la que la ventaja portuguesa se ensanchaba conforme la monarquía castellana se debilitaba y viceversa.

El tratado de Medina del Campo-Almeirim de 1433-1434, supuso un claro acercamiento de Castilla a Portugal, al contraer matrimonio Juan II de Castilla con Isabel de Portugal. Eran nietos, respectivamente, de Juan I de Castilla y João I de Portugal, quienes se habían enfrentado en la batalla de Aljubarrota en 1385 saldada con la victoria portuguesa. Con este tratado, se consolidaban las relaciones pacíficas entre ambas monarquías, afianzadas, a su vez, con el nacimiento de dos infantes, Isabel y Alfonso. Éstos tenían un hermanastro mayor, el futuro Enrique IV, hijo de Juan II y de su primera esposa, María de Aragón.

La caída del valido Álvaro de Luna, en 1453, y la muerte de Juan II al año siguiente no terminaron con el giro pro-lusitano de la política castellana. Enrique IV se casó en 1454 en segundas nupcias con Juana de Portugal, prima de la segunda esposa de su padre, como deseaba el monarca portugués Afonso V. Así, al vincularse más a Portugal se alejaba la injerencia de Aragón en Castilla. Este entendimiento favoreció la expedición en 1455 de la bula Romanus Pontifex, en la que el papado reafirmaba los derechos portugueses en la expansión atlántica.

El nacimiento de una pequeña princesa, también llamada Juana, no solucionó los problemas sucesorios de Enrique IV, pues una parte de la nobleza castellana —apoyada por Juan II de Aragón— prefería respaldar a su medio hermano Alfonso, el hijo de Isabel de Portugal, destronando al rey en una grotesca escenificación pública en 1465. Al morir Alfonso, Enrique IV negoció con su hermanastra Isabel para que se respetase completamente su autoridad real a cambio designarla como sucesora, ignorando los derechos de Juana. Isabel se sacudió la tutela de su hermanastro y se casó en 1469 con el príncipe Fernando, heredero de la corona de Aragón, hecho que venía a poner en una tesitura delicada la paz con Portugal.

Así, Juana quedaba fuera del tablero de juego, acercando Castilla a Aragón y, aunque Enrique IV le volvería a reconocer como heredera, su apoyo dependía de Portugal. Por ello, a la muerte de Enrique IV en 1474, el tío de Juana —el rey portugués Alfonso V— decidió reclamar el trono de Castilla y casarse con ella, abriéndose una guerra con Isabel y Fernando en 1475 que no concluiría hasta 1479.

Dicha guerra tuvo su escenario principal en la Península y en el Atlántico, produciéndose duros enfrentamientos por el dominio del oceáno. Esta descarnada lucha cesó con la firma, en 1479, del tratado de Alcáçovas-Toledo. Por él se respetaban los derechos castellanos en Canarias al tiempo que se le cerraba el paso al Atlántico meridional y a África. Era el año en que Isabel y Fernando sumaron a su señorío sobre Sicilia y Castilla la corona de Aragón, reconociendo Portugal la soberanía de los Reyes Católicos sobre Castilla.

El ascenso al trono portugués de Jõao II, en 1481, dio un gran impulso a la expansión portuguesa por África, aunque la llegada de Cristóbal Colón a América obligó a los Reyes Católicos y a Jõao II a redefinir los límites de sus respectivas expansiones marítimas, desembocando en la firma del tratado de Tordesillas en 1494. Al trazarse una línea de polo a polo, a 370 leguas al Oeste de Cabo Verde, se dibujaron las zonas de expansión que ambos imperios en construcción se comprometieron a respetar hasta el final del Antiguo Régimen, poniendo fin a una tensión que las bulas alejandrinas (1493) no habían resuelto.

Para reafirmar esta seguridad, ya en 1479 se había previsto el casamiento de la hija mayor de los Reyes Católicos, Isabel, con Afonso, heredero a la corona portuguesa. Pero, al morir Afonso, João II tuvo que nombrar como sucesor a su primo y cuñado, el duque de Beja, que reinaría como Manuel I, llamado O venturoso (1495), y quien se casó con la viuda Isabel. Es muy conocido el hecho de que se puso como condición la expulsión de los judíos y musulmanes del reino de Portugal, decretada en 1496.