Según Sandoval, en su crónica del emperador, la salida de Carlos V e Isabel de Portugal de Sevilla a Granada se debió a «los grandes calores de esta ciudad». Tal afirmación podría parecer anecdótica, pero no carente de cierto sentido ya que las elevadas temperaturas hispalenses de inicio estival solían agravar las frecuentes epidemias que castigaban a la ciudad del Guadalquivir. Además, su puerto, debido al febril trasiego poblacional, generaba un claro peligro del contagio.

De otro lado Granada, el objetivo del viaje, poseía un clima más benigno, pero sobre todo una persuasión mantenida desde el tiempo de los Reyes Católicos: ellos la convirtieron en emblema de su reinado, a ella regresaron en varias ocasiones, la Alhambra fue sede de Corte y, en la ciudad, edificaron su panteón dinástico de la Capilla Real.

El lunes 4 de junio de 1526, procedente de Santa Fe, tuvo lugar la entrada en Granada de Carlos V e Isabel de Portugal. Al caer la tarde, en el corto trayecto que separa a la ciudad de su Vega, la comitiva fue acogida por los vecinos de las alquerías, quienes manifestaron su adhesión «a lo moro» mediante instrumentos, con el baile de leilas y la algarabía. De modo posterior, los reyes fueron recibidos por los poderes castellanos granadinos, por los caballeros veinticuatro y sus autoridades, junto con un gentío ávido de lograr conocerlos.

En la emblemática puerta de Elvira se produjo el encuentro de los monarcas con Granada, pues era entonces el lugar preferente para recibimiento de reyes, y en ella se alzó un efímero arco triunfal con las armas de la ciudad junto con un altar dispuesto para el ritual sacro. Por decisión del emperador, fue don Luis Hurtado de Mendoza quien pronunció la salutación en nombre de Granada, imponiendo así Carlos su figura sobre otros que aspiraban a cumplir con dicho papel. La siguiente intervención correspondió al emperador, quien no estaba obligado a prestar juramento ante los granadinos, pero aquel día Carlos «juró [...] los privilegios, usos y buenas costumbres de esta dicha ciudad de Granada como los guardaron y mandaron guardar sus antepasados», prestando en público una fidelidad que evoca a las capitulaciones pactadas años antes por sus abuelos con el último emir nazarí.

Tras el acto, los caballeros veinticuatro cubrieron a los reyes bajo un rico palio, acompañando a su entrada en la ciudad por la principal calle de Elvira donde se produjo su encuentro con la Granada de herencia musulmana, ya que fueron rodeados por sus súbditos moriscos, vestidos con almalafas y rodetes, marlotas y velos. Es de imaginar el impacto que la escena debió causar en un Carlos nacido en Gante, el corazón de Europa, quien se autoproclama para Europa como el defensor de la Universitas Christiana; e igualmente debió de impresionar a Isabel, a una infanta portuguesa de la cristiana Casa de Avís, pues aquellos «moros granadinos» eran también súbditos del imperio.

Siguiendo con el itinerario y acompañamiento, la comitiva atravesó la ciudad hasta alcanzar la iglesia de Santa María de la O —antigua mezquita— que, por entonces, cumplía su función catedralicia en la que el prelado granadino y su cabildo eclesiástico celebraron un solemne Te Deum. Y, ya al anochecer, subieron a la Alhambra para residir en ella, con una Granada iluminada por antorchas en honor a los reyes cerrando así una jornada singular en la historia de la ciudad.

La cuestión morisca es clave en la estancia de los reyes, pues Carlos quiso escuchar a sus súbditos granadinos recibiendo un memorial de quejas y agravios que le fue entregado por tres miembros del patriciado urbano de origen nazarí, del que surgió una investigación sobre la situación del reino. Su diagnóstico, que se trató en la reunión de la Junta en la Capilla Real para asuntos de moriscos, dictaminó que se debía evangelizar a la juventud morisca y actuar sobre los adultos mediante la fuerza, para así alcanzar su total asimilación. Además, se instauró en Granada el tribunal de la Inquisición cuyo cometido no inició pues el emperador, debido a sus sempiternos agobios financieros, acordó una moratoria con los moriscos a cambio de su ayuda económica.