El primer dominio español sobre aquellas islas del Pacífico se remonta al siglo XVII, siendo en 1668 cuando el jesuita Diego Luis de San Vitores se estableció en Guam y fundó la ciudad de San Ignacio de Agaña. Ya a finales del siglo XIX, la pérdida de los restos del imperio español supuso la entrega al Imperio alemán de las posesiones en Carolinas. Este periodo tuvo su ocaso tras la derrota de los imperios centrales en 1918 y la expansión japonesa por el Pacífico. En clave religiosa, la misión católica que se ocupaba de aquellas islas dejó de estar en manos de los capuchinos alemanes de la provincia de Westfalia tras la Gran Guerra y se sucedieron algunos años en los que no hubo presencia de sacerdotes en aquellos archipiélagos. El prepósito general de la Compañía de Jesús, Wlodimir Ledóchowski, decidió ofrecer a los jesuitas para el encargo de misionar aquellos territorios, toda vez que la Santa Sede había consultado a Japón si permitiría que otros misioneros se ocuparan de aquellas islas y obtenido una respuesta favorable, aunque con matices. 

Los jesuitas enviados fueron finalmente españoles, habida cuenta de las reservas de Japón a permitir la presencia de religiosos de determinadas nacionalidades. El encargo recayó colectivamente sobre las provincias jesuíticas españolas bajo la autoridad inmediata del prepósito general. Esta situación se modificó el 31 de julio de 1925. Fue entonces cuando se encargó de la «difícil Misión de las islas Marianas y Carolinas» a los jesuitas de la provincia Bética, que había surgido poco antes de la de Toledo aunque, debido a la «penuria de sujetos», se haría necesaria la presencia de misioneros de otras partes de España.

La primera expedición de misioneros partió de España en 1920 y alcanzó Tokio en enero de 1921. Marchaba como superior de la misión el padre Rego. Los misioneros llegaron por primera vez a la isla de Saipán en el mes de marzo. Desde allí comenzaron su expansión por los diferentes archipiélagos. 

Ya antes de la II Guerra Mundial, las medidas de las autoridades japonesas limitaron la labor de los misioneros. Así, desde 1939 se les impidió el acceso a los cristianos de Yap y se fueron fortaleciendo las principales islas de los archipiélagos de la misión. Esto supuso una limitación cada vez mayor a la labor misional, que hubo de ceder iglesias y casas de los misioneros a las tropas niponas y ausentarse de algunas de sus presencias. Con todo, el punto de inflexión tuvo lugar tras el ataque de Pearl Harbor. Entonces los japoneses tomaron la isla de Guam, de donde expulsaron al obispo español Miguel Ángel Olano, e iniciaron su expansión por el Pacífico combatiendo la presencia americana. 

Estas informaciones, sin embargo, fueron mal y tardíamente conocidas en España. Los misioneros de la Micronesia se comunicaban con aquellos que estaban establecidos en Tokio, que fueron quienes recibieron a Olano a su expulsión de Guam. Éstos, a su vez, transmitían a España las noticias llegadas de la misión. En tiempos de la guerra, el superior de la misión era el padre Higinio Berganza, establecido en la capital del imperio japonés. Durante la guerra, apenas pudo comunicarse con los misioneros. En España podía tenerse conocimiento de que los que vivían en Tokio estaban bien, pero se sabía mucho menos de los demás. Destacaba la preocupación por el padre Pons, que padecía una penosa enfermedad tropical que le provocaba llagas supurantes, sin contar con más atención que la que le podía ofrecer el hermano Timoner que vivía con él. Por lo demás, la situación de cada enclave de la misión dependía de las autoridades particulares inmediatas. Así, mientras que en Ponapé se contaba con suficiente libertad de movimiento, no disfrutaban de ella los de Truk que, sin embargo, habían acogido a los de Mortlok porque allí la parálisis era total.