Juan Manuel de Ayala fue un marino y explorador español, nacido en Osuna (Sevilla) y avecindado en Puerto Real. Nació, según consta en su partida de bautismo, el 28 de diciembre de 1745, hijo de Miguel de Ayala, alcalde ordinario por el estado de los hijosdalgo, y de Teresa Aguirre.
Ingresó en la Academia de Guardias Marinas de Cádiz, en la que obtuvo el grado el 19 de septiembre de 1760. Tuvo su primer destino en el departamento marítimo de Cádiz, interviniendo en varias campañas a las órdenes de José Solano. Pasó más tarde al departamento de Cartagena, donde estuvo haciendo el corso en la zona de Cabo de Gata. En 1765 embarcó en la escuadra del Marqués de la Victoria y siendo destinado al año siguiente a El Ferrol. Posteriormente en 1768 fue comisionado por primera vez a Indias, al puerto de El Callao, regresando a Cádiz en 1772 como alférez de navío. En junio de 1773 se embarcó en la corbeta Nuestra Señora de Atocha con destino al Departamento de El Ferrol, donde permaneció hasta octubre de 1773.
LA EXPEDICIÓN A CALIFORNIA. En la segunda mitad del siglo XVIII se proyectaron una serie de expediciones a la costa noroeste de América partiendo del puerto de San Blas. El objeto de estas expediciones fue el reconocimiento de la costa (desde la baja California hasta Alaska), la elaboración de mapas y planos de esas zonas casi desconocidas, al tiempo que poner freno a las ansias expansionistas de otras potencias como Rusia.
En noviembre de 1773 Ayala fue destinado al puerto de San Blas (Nayarit, México) con el fin de descubrir nuevas tierras y mares al norte de California, y fue ascendido a teniente de fragata el 28 de abril de 1774. Desembarcó en Veracruz el 26 de agosto de 1774 y, autorizado por el virrey Antonio María Bucareli, llegó al puerto de San Blas a tiempo para unirse a una expedición a los descubrimientos con la fragata Santiago, bajo las órdenes de Bruno de Hezeta, y la pequeña goleta Sonora, cuyo mando le fue otorgado. Sin embargo, al poco de hacerse a la mar, fue trasladado al paquebote San Carlos, pues su capitán tuvo un ataque de locura. Dicha embarcación debía conducir víveres y armas para el presidio de Monterrey (California), así como explorar por mar el puerto de San Francisco, que ya había sido avistado en varias ocasiones por tierra, pero no había sido explorado ni cartografiado.
Las noticias llegadas a Madrid sobre la expansión rusa en la costa norte del continente americano activaron la búsqueda y selección de guardiamarinas para ser comisionados al Pacífico, con la tarea de detener el avance ruso sobre las posesiones españolas. El 20 de abril de 1773 se comunicó al virrey novohispano Antonio María Bucareli que serían enviados desde España marinos expertos para que desde el puerto de San Blas escudriñaran el litoral hasta Monterrey y más arriba si se pudiese.
No obstante, Bucareli prefirió no esperar la llegada de los seis oficiales y mandó una expedición secreta a cargo de Juan Pérez con la fragata Santiago. Pérez debía llegar hasta el paralelo 60º Norte, ya que se sospechaba que los rusos tenían un fuerte entre los paralelos 45º y 50º, aparte de abastecer a los presidios de San Diego y Monterrey. Pérez partió de San Blas el 24 de enero de 1774. Debía hacer un reconocimiento minucioso de las costas, tomando posesión de los territorios, y al ver navíos o establecimientos extranjeros debía tomar nota de su localización, evitando todo contacto. Con respecto a los indios, debía tratarlos con amabilidad. El resultado de la expedición no fue satisfactorio, dificultado por la espesa niebla y el mal tiempo. El virrey organizó inmediatamente una nueva expedición.