Durante toda la Modernidad, la inmensa mayoria de las cofradias, en una cláusula casi rutinaria expresa en todas sus reglas, prohibía el acceso a "moriscos, negros, mulatos y indios", ya que la concepción generalizada que se tenía de ellos era de rebeldes, revoltosos y escandalosos. La desprotección y la marginalidad de la población de color iba a provocar un sistema de vida desordenado, y desmedido en sus formas: la violencia, el alcoholismo, la enfermedad o el robo iban a constituir el pandemonium que era sinónimo de negro, y que habría de convertirse en símbolo de culpa y maldad. Por ello, el prejuicio social iba a desencadenar otro de raza por un comportamiento presupuesto, apareciendo repetidos hasta la saciedad epítetos como borrachos, salvajes, bárbaros, ridículos o sin razón, y que se condensaban en una expresión concreta: "ansi como negros es gente bozal", es decir, indómita, calificativo que se convertiría en consustancial al negro. En ocasiones, estas actitudes de rechazo eran justificadas atendiendo a los desmanes que se podían esperar del comportamiento de la población de color, más que a una exclusión ideológica que la Iglesia no amparaba explícitamente: "que puedan ir en nuestra procesión no siendo moriscos, negros ni mulatos, ...lo qual se hace solo por evitar escándalo". En efecto, la gran difusión del humanismo cristiano en España durante el primer cuarto del siglo XVI, y su impacto cultural en el contexto de la nueva espiritualidad sobre la que se asienta el Renacimiento europeo, vino a cuestionar el papel del hombre en el mundo y a plantear un orden social más justo en una nueva sociedad pujante, acorde a la conformación del estado moderno. La interiorización del mensaje evangélico que se produce en ese contexto con la vuelta a las Escrituras incorporará un San Pablo renovado por el humanismo erasmista, potenciándose la idea de fraternidad entre los cristianos reunidos en comunidad, lo que, por otra parte, dio alas al desarrollo del sistema de cofradías. Pero, sobre todo, la recuperada metáfora del Cuerpo Místico de Cristo constituyó una síntesis ideológica del papel de los hombres en el seno de la sociedad cristiana: todos constituyen miembros de un mismo cuerpo cuya cabeza es Cristo, por lo que han de mantener con El la misma relación que los distintos miembros del cuerpo mantienen con la cabeza. Sin embargo, más allá de la pura construcción teológica subyace bajo esta alegoría un profundo mensaje de contestación social, una rebeldía simbólica a la estructura estamental, ante todo porque implica un ideal de integración en el seno de la comunidad en un plano de igualdad. En palabras de José Luis Abellán, "la metáfora lleva implícito un cierto carácter comunitario, pero, dentro de éste —en lugar de resaltar el lugar y función que cada miembro tiene dentro del cuerpo— lo que se resalta es su condición de miembro en cuanto tal y, por tanto, su sentido de igualdad con los otros". El debate teológico que abrió semejante postulado fue utilizado para justificar una participación social que diera al traste con las rígidas barreras ideológicas estamentales. A ello vino a sumarse la sensibilidad penitencial-salvífica de la segunda mitad del siglo XVI, que le conferiría una coherencia religiosa bajo el prisma de la redención universal, lo que fue un argumento consciente esgrimido por los propios cofrades negros en la búsqueda de integración: "pues por todos se puso christo en la cruz, y nuestra madre la yglessia sancta no nos excluye, antes nos admite a muchas cosas más que a blancos, pues procedemos de gentiles y christianos viejos, y que para ser sacerdotes no somos excluydos, como los ay oy muchos negros sacerdotes y prebendados en nuestra España, y siendo como esto es assí no es justo diga la parte contraria con tanta livertad que por ser mis partes negros an de ser excluidos". En ocasiones no era contemplado expresamente como factor de exclusión tanto el color de la piel como la situación legal de esclavitud, aunque ambas realidades estaban íntimamente unidas. La marginación legal y el prejuicio social se hacían de este modo manifiestos en estos casos por delante de un prejuicio racial tácito: "e que si fuere esclauo o esclaua, que no sea obligada la dicha cofradía a lo enterrar, por quanto es nuestra voluntad de no enterrar esclauos en esta sancta Hermandad".