Uno de los temas más comentados en la historia de la Mezquita-Cate- dral de Córdoba ha sido el relativo a los precedentes cristianos del lugar donde se erigió el oratorio omeya de 'Abd alRahman I en el ano 785-786. No existe ninguna noticia escrita de época tardoantigua (siglos IV-VIII) que haga referencia a la zona ocupada por los edificios vinculados con la sede episcopal de Córdoba. A pesar de ello, la tradición historiográfica ha venido admitiendo sin grandes objeciones la existencia de una iglesia previa, denominada de Saint Binyant o San Vicente, a partir de la información aportada por varios cronistas árabes, que seguían un hilo en la transmisión de los textos bien conocido y estudiado. El protagonismo de esta iglesia, rodeada de un cierto halo legendario, condicionó la mirada de los investigadores que se aproximaron al edificio. Es el caso de Manuel Gómez-Moreno, quien en sus primeros trabajos sobre la arquitectura mozárabe consideraba que la mezquita fundacional se había levantado sobre los muros de la basílica cristiana de la que, según él, se conservaban algunos vestigios en la puerta de San Sebastián o de los Visires, la más antigua de las visibles en la fachada oeste del conjunto arquitectónico.
Con la intención de identificar los cimientos de esta iglesia, el influyente historiador del arte promovió la realización entre 1931 y 1936 de unas exploraciones arqueológicas en la zona occidental del edificio, en el interior del oratorio y en el Patio de los Naranjos, para las que fue comisionado el joven arquitecto catalán Félix Hernández Giménez. Por desgracia, las circunstancias del momento no fueron las más propicias para concluir los trabajos como hubiera sido deseable. Un ambiente de creciente anticlericalismo y las quejas de los responsables de la catedral ante la acumulación de tierra por las labores de excavación provocaron la cubrición en 1933 de las zonas excavadas en el interior de la Mezquita. El estallido de la Guerra Civil en 1936 obligó a que, por orden de la autoridad militar, fueran tapadas con cierta premura las estructuras descubiertas en el Patio de los Naranjos.
Los resultados de estas exploraciones quedaron inéditos hasta finales del siglo XX, cuando Pedro Marfil, a la sazón responsable de las actuaciones arqueológicas dependientes del Cabildo Catedral de Córdoba, rastreó y publicó una pequeña parte de la información existente en el Archivo Personal de Félix Hernández, depositado en el Museo Arqueológico de Córdoba. Fueron los primeros trabajos en los que se hablaba del complejo episcopal de Córdoba, aunque su atención prioritaria fue la localización de la iglesia de san Vicente y, más concretamente, su identificación con la habitación decorada con mosaico visible bajo el pavimiento de la Mezquita.
A partir del manejo de una documentación parcial (algunos croquis y fotografías) se publicó una planta de los restos, que ha servido de base para diferentes hipótesis de interpretación, con lecturas muy dispares, preferentemente centradas en su encaje con la iglesia mencionada en las fuentes escritas. La preeminencia dada a este edificio ha generado una idea algo distorsionada de cómo pudo haber sido el espacio en el que se levantó la Mezquita omeya, ocupado, según esta tradición, por un edificio aislado y construido en un único momento. Por otro lado, las evidencias materiales de este templo cristiano han resultado poco concluyentes hasta fechas recientes y las interpretaciones tan diversas han generado un estado de incertidumbre en la investigación. También ha contribuido a esta situación el nivel de conocimientos sobre la distribución de los edificios de culto cristiano de la ciudad de Córdoba entre los siglos IV y VIII y, más concretamente, la ubicación de la sede episcopal, para la que, algunos autores han propuesto su identificación con el complejo arquitectónico de Cercadilla.
Así las cosas, se ha asumido que el material disponible era escaso y que no era posible profundizar más en este esquivo asunto. Esta idea ha alimentado ciertas posturas críticas y desmitificadoras, cuando no negacionistas, acerca de la verdadera existencia de un centro de culto cristiano en el lugar. Todo ello ha propiciado lecturas e interpretaciones contrapuestas sobre los antecedentes cristianos del oratorio islámico, mezcladas con discusiones que trascienden lo estrictamente histórico, derivadas hacia opiniones sobre la propiedad del edificio y su gestión patrimonial.
NUEVOS PROYECTOS, DATOS E IDEAS. A partir de 2015 la colaboración entre el grupo de investigación Sísifo de la Universidad de Córdoba, el Cabildo-Catedral y el Museo Arqueológico de Córdoba permitió recuperar y estudiar esta información, mucho más rica de lo que se venía creyendo hasta ahora. En aquel año se inició un proyecto de investigación (DIDACTA) centrado en la digitalización y estudio del legado documental de Félix Hernández, depositado en el Museo Arqueológico cordobés. Este archivo es el resultado de la intensa actividad investigadora y de gestión patrimonial del arquitecto catalán, quien desde 1936 hasta 1975, año de su muerte, ejerció como Arquitecto Conservador de la Sexta Zona del Patrimonio Nacional.