Los Archivos Militares españoles han tenido gran importancia desde el siglo XIX. Su reglamentación fue pionera, supuso un hito de enorme trascendencia en la historia de la archivística española y cumplió un papel de inestimable valor en la Administración militar de finales de aquella centuria y principios del XX. En ese desarrollo tuvieron gran protagonismo tres archiveros militares: Rafael Aparicio, Florián Zubicarreta y Silvestre Aparicio.

El trascurso del tiempo hizo que la normativa fuese quedando obsoleta. Recordemos que el Reglamento del Archivo del Ministerio de Marina, uno de los primeros reglamentos de Archivos Militares del mundo, data de 1885 y que el Reglamento Provisional para el Régimen y Servicio de los Archivos Militares, promulgado en septiembre de 1898, fue aplicado, primero, a los archivos del Ministerio de la Guerra y del Ejército de Tierra y, posteriormente, a los archivos del Ministerio y del Ejército del Aire, sin haber sufrido apenas variaciones hasta su derogación en 1998.

La creación del Ministerio de Defensa en 1977, junto con la asunción por parte de éste de las competencias sobre el patrimonio documental generado por los distintos órganos de la Administración militar, hizo necesaria la unificación de criterios en materia archivística; lo que dio lugar a la publicación, el 19 de diciembre de 1998, de un reglamento de archivos militares, aprobado por el Real Decreto 2598, del día 4 de ese mismo mes.

En esta norma se disponía que los Archivos Militares se debían regir por la Ley 16/1985, de 26 de junio, del Patrimonio Histórico Español, por las normas dictadas para su desarrollo y por el mismo Reglamento. Además, se establecía el Sistema Archivístico de la Defensa (SAD), constituido por el conjunto de organismos que estructuran, conservan, controlan y tratan la documentación producida o conservada por la Administración militar en cada una de sus etapas. Este sistema se articula en cuatro subsistemas archivísticos: Subsistema Archivístico del Ejército de Tierra, Subsistema Archivístico de la Armada, Subsistema Archivístico del Ejército del Aire y Subsistema Archivístico del Órgano Central. Siguiendo el esquema establecido para los archivos civiles, se establecen cuatro tipos de archivos: de gestión, centrales, intermedios e históricos; a los que se añaden los científicos. Mientras que los de gestión y centrales se pueden considerar de ámbito local y administrativo, el resto son de carácter nacional, históricos y científicos, o regional e intermedios.

En función de esta clasificación tipológica, y sin considerar a los archivos de gestión y centrales, en España existen, actualmente, 27 archivos que superan el ámbito local: siete archivos históricos de carácter nacional; un archivo histórico y científico nacional; un archivo histórico nacional e intermedio; un archivo histórico, central e intermedio; dos científicos nacionales; y quince intermedios.

Cuatro de ellos se encuentran en Andalucía. Dos son archivos científicos, el del Real Instituto y Observatorio de la Armada y el del Instituto Hidrográfico de la Marina; y los otros dos son intermedios: Archivo Intermedio Militar Sur y Archivo Naval de San Fernando.