Para entender el estallido de la revuelta  morisca debemos  retrotraernos a los decretos de la Junta de Teólogos de Madrid de 1566, publicados el 1 de enero de 1567 en una pragmática dirigida a anular los signos de identidad cultural y tradición de origen islámico: ritos, danzas, baños, vestidos, utilización del árabe y el resto de tradiciones de raíz islámica. No obstante, más allá de los decretos de aculturación de 1567, la guerra se debió a causas religiosas, sociales y económicas fraguadas desde  hacía  muchos años atrás.

A raíz de la primera rebelión mudéjar de 1499 se había iniciado en el Reino de Granada un período nuevo, en el que las instituciones, la fiscalidad, la realidad jurídica   y religiosa islámica desaparecían para inaugurar una nueva etapa presidida por la conversión forzosa al Cristianismo de todos los mudéjares granadinos a partir de 1502 y el desarrollo de un estado de conflictividad latente, caracterizado por una  presión constante de las autoridades civiles, militares y religiosas sobre los naturales.

El primer intento de borrar toda huella del pasado islámico de los granadinos se produjo con los decretos de aculturación de la Junta de Teólogos de 1526, con motivo de la estancia de Carlos V en Granada. No obstante, fueron postergados durante 40 años —precisamente hasta 1566— gracias a  la intermediación del capitán general del Reino, don Luis Hurtado de Mendoza, que negoció a cambio de la prórroga la concesión de un servicio extraordinario de 90.000 ducados, pagadero en ocho años, convertido en 1533 en un servicio ordinario de 10.000 ducados anuales, destinado a financiar las obras de construcción del palacio del emperador en la Alhambra. Este último aspecto es fundamental, pues los moriscos soportaban  una  carga fiscal tres veces más elevada que la de los cristianos viejos. Un dato: justo antes del estallido de la rebelión, pagaban más de 40.000 ducados en concepto de servicios especiales.