Sus padres se habían casado en Salamanca, pero al cabo de poco tiempo se trasladaron a Sevilla, donde nacieron nuestro protagonista y sus tres hermanos, Hernán, Francisca e Isabel. El padre, Pedro Méndez, falleció más tarde, por lo que su madre, Catalina Vázquez, quedó al frente de toda la familia. Martín Méndez recibió una buena educación. Solo así fue posible que embarcara como escribano de la nao Victoria en la expedición de Magallanes a la Especiería. En esta época el oficio de escribano implicaba dar fe de lo que se asentara por escrito, de modo semejante a un notario en nuestros días, por lo que sus funciones iban mucho más allá de las de un mero escribiente. Durante este viaje terminó desempeñando un importante papel a partir del 16 de septiembre de 1521. En aquel momento, la expedición se encontraba al otro lado del mundo, detenida en una isla deshabitada al norte de Borneo con el fin de realizar operaciones de mantenimiento a las naos Trinidad y Victoria, las dos únicas que por entonces conservaban. Aquel fue el día en que Gonzalo Gómez de Espinosa y Juan Sebastián de Elcano pasaron a asumir el mando por elección del resto de sus compañeros, deponiendo así de sus funciones de capitán general a Juan López Carvallo, piloto portugués que había tomado el cargo tras la muerte de Magallanes, y cuya forma de actuar había terminado siendo entendida por los demás como en deservicio del rey. Desde entonces, Martín Méndez fue dejando registrados por escrito los acuerdos de paz alcanzados con los habitantes de los lugares por donde pasaron, en un documento que ha perdurado hasta nuestros días y se conoce comúnmente como el Libro de las Paces del Maluco. Gracias a él conocemos muchos detalles de lo ocurrido hasta la llegada a las Molucas, dado que enriquece en gran medida lo que se nos cuenta de este período en las demás fuentes. Nueve meses después, la nao Victoria navegaba en solitario por el Atlántico en su épico viaje de regreso a España, pero en ella se vivía un momento muy dramático por la escasez de víveres y la sucesión de muertes que mermaba a una débil y enferma tripulación. Ante esta situación desesperada, Elcano decidió someter a votación acudir a las islas portuguesas de Cabo Verde para tratar de conseguir provisiones, pese al riesgo que entrañaba de ser apresados. Aunque inicialmente los portugueses atendieron de buen grado a los nuestros, que pudieron reponer víveres, pronto descubrieron que traían especias y por ello detuvieron a todos los que habían desembarcado.

El principal de este grupo de doce o trece hombres que quedaron en tierra fue Martín Méndez, quien permaneció preso en Cidade Velha hasta que fructificaron las rápidas gestiones de Carlos V con Juan III de Portugal, realizadas tras el regreso de la nao Victoria. Gracias a ello se le concedió la libertad el 15 de octubre de 1522, solo treinta y siete días después de que se completara la vuelta al mundo, siendo entonces trasladado a España junto con otros ocho de sus compañeros de cautiverio. Quedaron allí otros tres, a los que no se liberó hasta bastante más tarde, dado que consta que permanecieron presos cinco meses y veintidós días. Los servicios de Martín Méndez fueron muy bien valorados por el emperador, quien le asignó una renta vitalicia de 200 ducados al año para toda su vida, y le premió con un escudo de armas coronado con el lema PRIMUS QUI CIRCUMDEDIT ME, muy similar al que también se concedió a Juan Sebastián de Elcano. Por otro lado, y esto es importante para darnos cuenta del elevado rango de nuestro protagonista en la expedición de la primera vuelta al mundo, la suma que percibió de la Casa de Contratación de Sevilla por el sueldo debido, cajas de especias que trajo a título personal y quintalada ascendió a 452.480 maravedís. Se trataba de una auténtica fortuna, solo superada por la que recibió el capitán Elcano. EMBARCADO DE NUEVO. Sin embargo, no parece que la máxima aspiración de nuestro Martín Méndez fuera la de enriquecerse y poder llevar una vida relajada, porque pronto lo encontraremos embarcado de nuevo hacia la Especiería. Lo hacía en 1526, en la expedición de Sebastián Caboto. El emperador Carlos V encomendó en 1525 al veneciano Sebastián Caboto la tercera y última expedición que zarparía desde el territorio peninsular español hacia Asia oriental, tras las comandadas por Fernando de Magallanes y García Jofré de Loaysa. Por entonces, Caboto era Piloto Mayor de la Casa de Contratación de Indias de Sevilla, cargo que venía ejerciendo desde 1518. La expedición se organizó con rapidez, y largó velas un año después. Sin embargo, desobedeciendo las instrucciones que llevaba, Caboto decidió detenerse en el Río de la Plata, dedicando años a su exploración y renunciando a su objetivo inicial. Como dijo de él más tarde el cronista Fernández de Oviedo, se mostró tan buen cosmógrafo como mal capitán.

Carlos V nombró a Martín Méndez teniente del capitán general en la citada expedición de Sebastián Caboto. Carlos V también se encargó de dar peso a este nuevo viaje incorporando en él a Miguel de Rodas, quien había sido el maestre de la nao Victoria y, por tanto, compañero de Méndez en la primera vuelta al mundo. Esto no gustó nada a Caboto, quien ninguneó a Martín Méndez desde antes incluso de partir, y no tuvo en consideración el rango que le había sido dado por el emperador. Llegó incluso a asignarlo a otra persona, por lo cual fue reprendido y advertido por Carlos V. Aún así, nada cambió y, al poco de zarpar, mientras la expedición se detuvo en la isla de La Palma, los viejos amigos Méndez y Miguel de Rodas trataron de enviar cartas al emperador dando queja del comportamiento de Caboto. También se les unió en esto el capitán de una de las naos, llamado Francisco de Rojas. Caboto fue avisado de ello y, cometiendo una ilegalidad, abrió las cartas, haciendo presos desde entonces a estos tres hombres, que recibieron un trato muy duro. Tras cruzar el Atlántico, Caboto se detuvo en la costa de Brasil, en tierras de Pernambuco bajo dominio portugués. Allí recibió noticia de que encontraría grandes riquezas en el que llamaban Río de Solís. Continuaron viaje y, muy cerca ya de aquel lugar, conocido hoy como Río de la Plata, encontraron en una isla llamada de los Patos a un tal Durango, vizcaíno que había quedado allí de la nao San Gabriel, de la expedición de Loaysa, así como a un paje de la anterior expedición de Juan Díaz de Solís. Durango les explicó que la expedición de Loaysa estaba muy “desbaratada” en el estrecho de Magallanes. Esta noticia fue recibida con “alegría” por Caboto, que determinó no acudir en su ayuda y, en vez de eso, dedicarse a buscar las supuestas riquezas del Río de la Plata. Martín Méndez, Miguel de Rodas y Francisco de Rojas se opusieron a este plan y exigieron a Caboto acudir al estrecho de Magallanes a continuar con el viaje que el emperador les había encomendado y a prestar ayuda a los de Loaísa. Pero entonces, Caboto tomó una durísima decisión: dejar abandonados a estos tres hombres en la isla de Santa Catalina, situada a mitad de camino entre Río de Janeiro y el Río de la Plata, muy próxima a la costa de tierra firme. Se trataba de una isla poblada por caníbales.