Los primeros prisioneros españoles en manos de los tagalos aparecieron tras el hundimiento de la escuadra española en la bahía de Manila el 1 de mayo de 1898. En efecto, pocos días después los insurrectos se hicieron con el control de las provincias de Cavite y Manila, excepto la capital, extendiéndose paulatinamente sobre el resto de la isla de Luzón a medida que los destacamentos españoles capitulaban. Sin duda, fue un error el hecho de que el capitán general de Filipinas, D. Basilio Augustín, no ordenase la reconcentración de todas las fuerzas del archipiélago tan pronto como se supo en Manila la ruptura, acaecida el 25 de abril, de relaciones entre España y Estados Unidos; cuando por fin a fines de mayo la autorizó, ya era demasiado tarde, pues todas cuantas fuerzas se pusieron en movimiento cayeron en poder del enemigo.
Como consecuencia de ello, para septiembre de 1898 había en poder de los tagalos miles de españoles, entre militares, civiles y religiosos. El gobierno revolucionario, presidido por Emilio Aguinaldo, justificaba retener al personal civil con el fin de conseguir la libertad de los presos y deportados filipinos en España y, a los religiosos, para obtener del Vaticano el reconocimiento de los derechos del clero secular filipino.
Una vez en manos de los tagalos, los cautivos eran despojados de cuanto poseían. Para su sustento, y aunque la cantidad variaba según localidad y recursos disponibles, al principio recibían arroz, carne y una pequeña cantidad de dinero, pero ya en los últimos meses de 1899 el socorro disminuyó debido a las dificultades del bando filipino. Muchos reclamaron sin éxito los fondos que tenían depositados en Manila, o sus pagas como soldados o funcionarios. Sin embargo, nunca, desde institución estatal alguna, se les hizo llegar dinero alguno.
Esta situación condujo a que los prisioneros desarrollaran diversas estrategias de supervivencia, tales como ejercer la caridad pública, servir como criados en casas de indígenas, dedicarse al corte de leña y a la pesca para luego vender los productos, cuando no intentar la fuga. Tan alto fue el número de éstas que el Gobierno de Aguinaldo hubo de dictar en noviembre de 1898 un decreto por el que se declaraba traidor a todo aquel que ayudase a la huida de cualquier cautivo.
A pesar de lo manifestado por la propaganda filipina, testimonios de algunos prisioneros muestran la dura situación que hubieron de soportar: escarnecimientos, bofetadas, ingestión de aguas putrefactas, además de trabajos forzados para el arreglo y limpieza de plazas, paseos y calzadas. Si bien otros testimonios muestran que hubo jefes revolucionarios que trataron con toda consideración a sus cautivos, e incluso que algunos alcanzaron la libertad gracias a su magnanimidad. No cabe duda de que hubo vejaciones, a pesar de que el trato a los prisioneros y heridos en los campos de batalla estaba ya regulado por la convención de Ginebra de 1864; sin embargo, sus considerandos no se aplicaron en la guerra del 98 por no tener el ejército filipino reconocimiento internacional ni haber firmado dicha convención.