Muchos de esos soldados no suponían que jamás regresarían a su patria. Los supervivientes lo harían tras soportar un duro presidio, durante el período comprendido entre 1808 y 1814.

Para complicar la situación aún más, a los marinos de Rosily pronto se les unirían los 17.350 hombres del general Dupont. Con ellos marchaba un contingente de 334 marinos de la Guardia Imperial, entre oficiales y marinería. Se trataba de un cuerpo de élite creado por Napoleón en 1803, enviado a Andalucía como tropas de refresco para sustituir a las tripulaciones de la Escuadra de Rosily.

Sin embargo, los ingleses se negaron finalmente a su embarque alegando que regresarían de nuevo al campo de batalla español. Dada la cifra tan alta de cautivos, algunos fueron recluidos durante algún tiempo en pueblos de Sevilla, como Lebrija y La Campana, o en Arcos de la Frontera y Villamartín, en la provincia de Cádiz.

Cuando llegó parte de este ejército encabezado por Dupont a la Bahía de Cádiz, fueron evidentemente mal recibidos, y se desató un tumulto popular, en el cual despojaron a los soldados de sus bienes, muchos de ellos obtenidos en los saqueos, sobre todo en el pillaje de Córdoba.

TESTIMONIOS DE SOLDADOS. Existen varios relatos de soldados franceses presos en los pontones de Cádiz que decidieron contar las penalidades sufridas, pero también los momentos de diversión. Es el caso de Amblard, Blaze de Bury, Gaspard Schumacher, Grivel, Guillé, Henry Ducor, Maffotte, etc.

Una de esas historias es la del marqués de Sassenay, enviado por Napoleón a América en una fracasada misión por obtener el favor de los territorios españoles en ese continente. Su esposa llegó a solicitar incluso ayuda a la propia emperatriz de Francia, Josefina, y al duque de Wellington, para liberar a su esposo del encarcelamiento del pontón Castilla.

La existencia de las cárceles flotantes en Cádiz fue corroborada por documentos que se conservan en archivos, por publicaciones periódicas e incluso por las memorias de algunos burgueses de la época que vivían en la ciudad. Es el caso de Muñoz Naveda, que relataba en unas cartas a su padre que residía en Vejer de la Frontera, cómo se dejó de comer pescado de la Bahía por el aumento de tamaño. Se sospechaba que los numerosos cadáveres de presos arrojados al agua desde los pontones les podrían haber servido de sobrealimentación.

Existen informes de autoridades sanitarias de Cádiz que certifican que hubo un grave problema de salud pública, dado el hacinamiento de presos, al constituir un foco de infección de enfermedades. La cartografía histórica también confirma su existencia, e incluso la posición de fondeo en la Bahía de Cádiz.

VIDA EN LOS PONTONES. La vida era monótona. Al amanecer, un cañonazo disparado desde una de las fortificaciones de la Bahía marcaba la hora de levantarse, comenzando la rutina diaria. El testimonio de Henry Ducor y de otros supervivientes nos informan que tanto la comida como la bebida eran más bien escasas, en malas condiciones y en más de una ocasión padecieron períodos de carestía absoluta de alimentos. Ello provocó trágicas situaciones, sobre todo en la fragata La Horca, planteándose incluso practicar el canibalismo a bordo.

Aunque es necesario aclarar las dificultades de las autoridades españolas para abastecer a tal población de presos en un período de guerra, al mismo tiempo que asegurar el de la ciudadanía española.

La situación mejoró un poco cuando parte de las tropas fueron desembarcadas de los pontones y trasladadas a los cuarteles de San Carlos en San Fernando (Cádiz). Se organizó un sistema de abastecimiento de alimentos para que los prisioneros compraran con su sueldo lo que se pudiesen permitir. Se establecieron diversas tiendas en el portal de entrada al acuartelamiento, previa autorización de las autoridades pertinentes. Uno de los testimonios de soldados franceses menciona incluso algunas exquisiteces que podían adquirir en ellas: "manzanas caramelizadas, higos y aceitunas de Sevilla o de Alcalá de Guadaira, pasas, guindas y algunas clases de moluscos", seguramente ostiones y las famosas cañaíllas de La Isla de León.

Pero la situación en las cárceles flotantes era muy dura. Pronto las condiciones se hicieron insostenibles por el hacinamiento y la escasez de alimento e higiene. Enfermedades como la desnutrición, el escorbuto y la disentería provocaron una gran mortalidad. Ante la ausencia de un plan de evacuación de los fallecidos, muchos de los cadáveres fueron arrojados por la borda, llegando a las costas de Cádiz. Sin embargo, debido al peligro de una epidemia, las autoridades sanitarias debieron organizar un plan de evacuación de los fallecidos y transformar el Argonauta en pontón-hospital para cuidar de los enfermos, siendo parte de ellos trasladados al Hospital de la Segunda Aguada (Cádiz).

El duro régimen de vida provocó que se produjesen fugas de los reclusos como, por ejemplo, las evasiones masivas de los pontones Castilla y Argonauta, en marzo y mayo de 1810, respectivamente, en la que tantos fallecimientos se produjeron durante el varamiento de ambos barcos prisiones. Naufragios provocados intencionadamente para escaparse hacia la costa dominada por los franceses, aprovechando los últimos temporales de la temporada invernal. 

Las evasiones fueron especialmente protagonizadas por los Marinos de la Guardia Imperial, como las del capitán Grivel y el comandante Vattier, dado los conocimientos de navegación que poseían.

Sin embargo, a pesar de las penalidades, existió una vertiente más positiva. Las tropas francesas disfrutaron también de momentos lúdicos, dedicando su tiempo a la música, los juegos, el teatro o escenificando obras con las famosas sombras chinescas, tanto a bordo de los barcos como en los cuarteles de San Carlos.

TRASLADO A LAS ISLAS. La situación se hizo insostenible por tal cantidad de presos. La solución fue su traslado en dos ocasiones a los archipiélagos de Gran Canaria, donde fueron enviados los marinos de Rosily, y las Baleares, donde fueron remitidos parte de las tropas de Dupont.

La situación fue mucho más dura para los soldados abandonados en la desértica isla de Cabrera, donde debido a la escasez de alimentos hubo prácticas de canibalismo. El poblado que fundaron fue denominado Napoleon Ville. Excepcionalmente, tenemos constatación material de este período de la historia a través del yacimiento Pla de ses Figueres, donde se ha documentado arqueológicamente su presencia en los barracones que habitaban.