Arias de Bobadilla también actuó con arrojo en la toma de las Azores. Y es que el reconocimiento de Felipe II como rey de Portugal tuvo su excepción en esas islas que seguían apoyando al prior de Crato, motivo por cual se envió una fuerza expedicionaria para someterlas. La flota de 60 navíos, encabezada por los galeones regios y dirigida por el hábil y experimentado marqués de Santa Cruz, partió de Lisboa y destruyó la flota de don Antonio, prior de Crato, en una batalla librada frente a la isla de San Miguel. Solo resistió la isla Tercera hasta que una armada dirigida por Santa Cruz la reconquistó en 1583. En el tercio del maestre de campo Bobadilla iban dos mil quince soldados. Bobadilla, embarcado en la urca San Pedro, manifestaba al rey la euforia y dicha por el éxito naval de la Tercera.

De nuevo, la presencia de Francisco de Bobadilla en la campaña de la Armada de Inglaterra significó un reconocimiento a sus dotes como estratega militar pues, no en vano, constituyó uno de los proyectos más ambiciosos de la Monarquía para implantar su poderío naval. Cuando se incorporó a la armada del duque de Medina Sidonia, Bobadilla lo hizo como maestre de campo general. Son dignos de destacar sus comentarios críticos expuestos ante el secretario Juan de Idiáquez sobre los errores que, a su juicio, habían contribuido al fracaso de la Armada Invencible: "Nadie podía haberlo imaginado si no hubiese estado presente en esta expedición". "Bien ha sido menester ver con los ojos y tocar con la mano lo que ha sucedido para ver el engaño que se ha ido con esta máquina". Tampoco ahorraba críticas contra los que opinaban sobre el fracaso una vez conocido el desenlace: "No hay ninguno que diga ahora yo dije, yo adiviné, el caso es que después de ido el conejo cada uno da consejo". Denunciaba que los medios técnicos del enemigo inglés eran superiores y que algunos de los barcos españoles no habían presentado batalla.

Bobadilla fue elegido por el "Consejo de Guerra" en 1589, para defender La Coruña del asedio inglés por las mismas razones que lo fue para otras expediciones anteriores. La "Invencible Inglesa o expedición de Drake-Norrys" fue una flota de invasión enviada contra la Monarquía Hispánica por Isabel I de Inglaterra. La expedición acabó en una total derrota para los ingleses y el que había sido hasta entonces héroe popular en Inglaterra, Francis Drake cayó en desgracia.

La huida del secretario Antonio Pérez, infiel al rey, y que había logrado refugiarse en Zaragoza acogiéndose al "privilegio de manifestados" del Reino de Aragón, motivó que el rey ordenase que un ejército castellano invadiese Aragón. En el ejército que envió el monarca para poner orden en Aragón y apaciguar su gente cobró un protagonismo especial Bobadilla pues, de nuevo, tuvo ocasión de demostrar tanto sus dotes de mando como su prestigio militar. Felipe II le dio su confianza casi por entero y Bobadilla no podía ocultar su alegría al ser recibido por el rey para tratar los problemas del Reino de Aragón: "Su Majestad me dio una larga y privada audiencia por la tarde".

ASISTENTE DE SEVILLA. La biografía de Puñonrostro está asociada a la ciudad de Sevilla y a su gobierno durante más de un bienio, siendo recibido como asistente de Sevilla el 24 de marzo de 1597 en sustitución del conde de Priego. A pesar de tan corto periodo de tiempo y a pesar de sus ausencias, su actividad política dejó mucha impronta en la ciudad. El tiempo que ejerció de asistente abarca desde el 24 de marzo de 1597 hasta el 17 de junio de 1599, cuando fue reemplazado por Diego Pimentel. En su política municipal fueron una prioridad los levantamientos de tropas y la formación de la milicia local; hasta tal punto que el título de capitán general recayó en el asistente, cuyo puesto sirvió hasta 1599. La defensa militar de Sevilla en aquel último decenio conflictivo del siglo XVI puso a prueba la valía política del conde de Puñonrostro.

Al poco tiempo de su llegada a la ciudad, el Consejo de Guerra pedía a Sevilla que siguiese prestando colaboración para la fortificación del río y obedeciese las indicaciones de Puñonrostro. La razón de esta medida es que contribuiría a su mayor seguridad a la vez que favorecería "el trato y negocio de su población". Es bien cierto que el saqueo de Cádiz de 1596 supuso una lección de estrategia militar para Sevilla, pues a partir de ese momento se pondría mayor ahínco en las mejoras de sus defensas.

El 31 marzo de 1597, la institución hacía llegar al conde un documento con los planos para hacer los fuertes en el río de Sevilla y un escrito aportado por el ingeniero Cristóbal de Rojas sobre las razones en que se basaba este proyecto. También le llegaba a Puñonrostro otra carta del rey sobre la necesidad que había de limpiar las costas de Andalucía de corsarios.

Sobre la preparación de la milicia respondía al Consejo en septiembre de 1597, con cuanto celo había ordenado tenerla ejercitada y dispuesta además de defender todos sus privilegios. El mismo confesaba "desde que llegué a esta ciudad he procurado hacer ejercitar los naturales que en ella están alistados".

A pesar de la encendida defensa que Puñonrostro hacía de sus soldados, no negaba la existencia de sus irregulares comportamientos y castigaba sus conductas y altercados peligrosos para la paz social. Tal el caso de los juegos que constituyeron un serio problema de orden público en la vida cotidiana de Sevilla en el siglo XVI, afectando particularmente a la milicia. Para poner remedio a esta situación, el 10 de junio de 1598, Puñonrostro había comunicado al Consejo en Madrid los conflictos que los juegos acarreaban entre los soldados, y firmaba un pregón advirtiendo de las graves penas en que incurrían los que practicasen los juegos en detrimento de sus obligaciones: "Que ningún capitán, alférez, ni sargento, ni otra persona, soldados de ninguna calidad ni condición tengan en su casa tablaje de juego, ni consientan que se juegue en ella juegos de naipes, ni otro alguno de los prohibidos por las leyes".

ABASTECIMIENTO. Digna de destacar fue su dedicación al abastecimiento de la ciudad en unos años que padecía extrema necesidad por la crisis económica; y su lucha contra los especuladores que acumulaban alimentos era conocida por todos. La responsabilidad que el cabildo de la ciudad tenía en el abastecimiento de la población, ante todo de trigo, se traducía en una serie de disposiciones, todas ellas con el propósito de que la ciudad estuviese en todo momento abastecida.

El hecho de que la regatonería, que consistía en "vender al por menor los géneros que se han comprado al por mayor", fuese uno de los problemas más graves dentro de los asuntos económicos es razón suficiente para entender la dificultad que tuvo el conde para erradicarla a pesar de las medidas administrativas y de las fuertes sanciones a los transgresores. La importancia de tener abastecida a su población de trigo y cebada llevó al cabildo a poner de nuevo en funcionamiento la llamada "comisión del pan", que velaría por resolver los múltiples inconvenientes surgidos como consecuencia del deseo de cumplir, casi a diario, con este objetivo tan difícil como prioritario para las autoridades municipales.

La política del conde de Puñonrostro para solucionar el problema de la falta de trigo estuvo fundamentada en el mantenimiento de intensas relaciones con importantes hombres de negocios con los que llegó a acuerdos y formalizó "asientos" para garantizar la traída a Sevilla de grandes partidas del cereal a precios moderados.

Una de las aportaciones de su gobierno para paliar los daños del desabastecimiento y la escasez que estaba sufriendo la población fue la orden dada por el cabildo para que los almacenes, donde los vecinos podían comprar el trigo y cebada, permaneciesen siempre abiertos. La desesperación de la ciudad por la continua escasez de su alimento principal había llegado hasta tal punto que, de común acuerdo, el 19 de octubre de 1598 rogó el envío de cartas urgentes al rey y al Consejo informando de las dificultades de la población para sustentarse "pues el hambre empezaba a hacer acto de presencia y solo había para seis días". Sin duda alguna, se convirtió en uno de los ejes de la política municipal del conde de Puñonrostro.

LA PESTE (1598-1602). La calamitosa situación de la limpieza de la ciudad llegaba hasta tal punto que en el cabildo de 2 de mayo de 1597 se volvió a reconocer por todos sus componentes la cantidad de inmundicia de sus calles y plazas sin ninguna excepción. ¿Qué medidas tomó Puñonrostro ante el desorden reinante en la higiene de la ciudad? A juicio de sus intervenciones se puede afirmar que gobernó con cierta dureza a la hora de aplicar algunas ordenanzas municipales. Una prueba de la severidad de su política fue su propuesta de 22 de agosto de 1597 para intentar acabar con el hábito de echar inmundicias a la calle, para ello, decidió recurrir al viejo método de pagar una recompensa a "soplones o denunciadores".

La limpieza urbana suscitaba un elevado grado de preocupación entre las autoridades municipales. Consciente de la gran influencia que tenían sobre la población los factores sanitarios, Puñonrostro puso todo su empeño en que la ciudad vigilase y se cumpliesen todas las leyes que se dictaban para mantener la salud.

Las medidas que adoptaba para combatir las enfermedades, su efectividad y la autoridad con la que solía ejecutarlas son pruebas más que suficientes para destacar los buenos resultados de su política sanitaria. La situación provocada por las aguas pestilentes que, en ocasiones, corrían a su antojo por sus calles, advertían del riesgo de aparición de enfermedades infecciosas.

Desde instancias políticas superiores se respondía a los requerimientos de la ciudad sobre la limpieza con una lista de medidas o avisos, tales como quemar las inmundicias para evitar moverlas, que no se vendiese pescado dañado ni puerco y pedían que se avisase a la ciudad sobre el peligro de las aglomeraciones para evitarlas. Se insistía en que se apartasen los enfermos de los sanos y libertad para quemar ropa sospechosa. También hacían referencia a que en las boticas estuviesen abastecidas de medicinas y no faltasen la "triaca, el mitridato y que hubiese gran provisión de vinagre".

Sin duda alguna, uno de los problemas más graves a los que tuvo que hacer frente Puñonrostro durante su gobierno fue la epidemia de peste atlántica que asoló la ciudad y que afectó a todo el sur peninsular. Por los efectos causados en otras ocasiones por la peste, estaba más que justificado el pánico de la población y de las autoridades. Como se había hecho en circunstancias parecidas, la ciudad puso en marcha en primer lugar la llamada "comisión de la peste" que se encargaría de adoptar acuerdos y proposiciones para controlar la enfermedad contagiosa. Era tal la inquietud que cuando se extendía el rumor de contagio, el cabildo pedía enseguida información, sobre todo, cuando se producía alguna punta de mortalidad no habitual en lugares próximos a Sevilla, como ocurrió en la población de Burguillos en marzo de 1597.

Más adelante se tomaron otras medidas como la prohibición de entrada de mercancías procedentes de zonas afectadas por la peste. Muy a tener en cuenta era la propuesta para la vigilancia y control de los accesos a Sevilla, para cuya tarea se dispuso de guardas colocados en aquellos lugares extramuros desde donde se divisaba bien la llegada de todo tráfico tanto fluvial como terrestre y en las puertas y murallas.

La picaresca para eludir los controles de las puertas debió ser utilizada en numerosas ocasiones por una población que huía desesperadamente de la enfermedad o pretendía entrar en ella irresponsablemente. El 29 de abril de 1599 el procurador mayor Bartolomé de Hoces narraba en su intervención que un portugués le había contado con todo detalle cómo los portugueses que venían a Sevilla llegaban hasta las poblaciones vecinas de Castilleja y Espartinas donde dejaban sus ropas y cabalgaduras, después aprovechaban la oscuridad de la noche y se introducían a deshoras en la ciudad.

Si la mendicidad fue un grave problema social y acaparó con cierta frecuencia la atención de los regidores municipales antes de la llegada de la peste de finales de siglo, era lógico que con la enfermedad se extremasen las medidas. Una de estas se puso en práctica en el cabildo de 14 de junio de 1599, poniendo especial interés en vigilar los movimientos de los mendicantes. Se les reconocía a los mendigos un mayor peligro de contagio por su estilo de vida. Constituían un numeroso grupo social, lo que unido a su actividad podían convertirles en los mayores propagadores de las infecciones. Por padecer muchísima necesidad, buscaban la caridad de los vecinos por las calles y lugares públicos en unos momentos tan delicados para la ciudad de Sevilla. Para cambiar la situación se llegó al siguiente acuerdo: "Que en esta ciudad hay muchos pobres padeciendo mucha necesidad, y debido a la presencia de la peste puede ser de mucho daño dejarlos andar por las calles, iglesias y donde haya gente reunida".